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查干础鲁矿区内构造以断裂为主,主体近东西向的断裂为成矿前期构造,次一级的北北西-近南北向断裂构造为成矿期构造,"S"型褶皱为查干础鲁金矿床的成矿作用提供了有利的容矿场所。矿区内中酸性浅成-超浅成次火山岩发育,次火山岩的展布方向与矿区内断裂构造方向一致。次石英粗安岩是金矿床的主要赋矿岩石,金矿化受断裂构造控制明显。推断查干础鲁金矿床属于构造控制的次火山岩浆热液型金矿床。