为研究心叶青藤（Illigera cordata Dunn）的系统发育关系，本研究以心叶青藤叶片为材料，利用Illumina测序平台对心叶青藤进行测序和组装，并对其大小、结构、基因组成、简单重复序列（SSR）、密码子偏好性以及系统发育进行分析，显示心叶青藤叶绿体基因组长度为156 453 bp，包括大单拷贝区（LSC， 85 326 bp），小单拷贝区（SSC， 18 775 bp）和一对反向重复区（IRA和IRB， 26 176 bp），总GC含量为39.2%。心叶青藤叶绿体基因组共编码132个基因，包含87个蛋白编码基因（PCGs）、37个tRNA基因和8个rRNA基因，其中22个基因有内含子。心叶青藤叶绿体基因组序列鉴定出53个SSR位点，包括38个单核苷酸重复位点，3个二核苷酸重复位点，2个三核苷酸重复位点，1个五核苷酸重复位点和9个复合核苷酸重复位点。有效密码子数（ENC）为51.15，密码子适应性指数（CAI）为0.167，GC3s含量为29.2%，密码子偏好性较弱，且偏好使用以A/U结尾的密码子。系统发育分析表明，心叶青藤与宽药青藤（Illigera celebiea）亲缘关系较近。该研究为后续青藤属系统发育研究和物种鉴定提供一定的理论基础。