以实现经方功效的精准及稳定为目的，对中药柴胡的基原规格进行对比研究，揭示北柴胡（Beichaihu）与南柴胡（Nanchaihu）在经方中精准化应用的规律。考证《伤寒杂病论》中以柴胡为君药方剂的功效主治，并利用LC-MS联用技术以及CCl4诱导的小鼠肝损伤模型和油酸钠诱导的HepG2高脂血症细胞模型，探究柴胡在各方中发挥功效的差异，以及北柴胡与南柴胡水煎液的化学成分、保肝及降脂药效的差异。结果发现《伤寒杂病论》中以柴胡为君药的7个方剂在中医临床主要用于治疗消化、代谢、免疫、循环等系统的疾病，其中柴胡则主发挥保肝、利胆、降脂等功效，且在各方中发挥的功效各有侧重；化学成分分析结果表明北柴胡与南柴胡水煎液共有14个差异成分，鉴定了其中11个成分的化学结构，分别为10个皂苷类和1个黄酮类化合物；保肝药效实验结果显示北柴胡的水煎液可以明显降低肝损伤模型小鼠血清中谷草转氨酶（AST）的活性，且与南柴胡水煎液组相比具有极显著性差异（P＜0.01）;降脂药效实验证明，北柴胡与南柴胡在降低HepG2细胞中总胆固醇（TC）和甘油三酯（TG）含量上均具有极显著性差异（P＜0.01）,与北柴胡水煎液组相比，南柴胡水煎液组降脂效果更好。结果表明北柴胡与南柴胡水煎液的化学成分及保肝、降脂药效均存在差异，提示在中医临床处方中柴胡基原的精准化是必要的。研究为中医临床精准用药及基于用途的中药质量精准评价提供科学依据。