欧洲食品安全局的治理结构包括:欧洲食品安全局及其组成单位的法定职能、欧洲食品安全局与欧盟其他相关组织之间关系的制度安排、欧盟用以指引这种法定职能设计与制度安排的基本价值目标等三方面内容。通过分析欧盟《统一食品安全法》及其相关指南可以发现,在履行食品安全风险评估职能过程中,欧洲食品安全局及其组成单位之间分工明确、职能清晰;欧洲食品安全局与欧盟其他组织之间关系的制度安排则体现出合作与独立两种看似矛盾、实则统一的关系;而作为职能设计与制度安排的基本价值目标则是,通过增加欧洲食品安全局从事食品安全风险评估工作的科学性和独立性,来强化社会公众对欧盟食品安全风险监管法律体系的信任,进而增强对欧盟食品安全的信任。欧洲食品安全局的较为科学的治理结构,可以为我国食品安全风险评估治理结构的完善提供基本的背景知识。