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地形辅助导航是水下航行器导航技术的一个发展新方向，但它并不能够在任何地形区域都可以工作，比如在平坦区域的导航效果很差。通过计算不同区域的水深标准差，选择地形特征独特的区域作为适配区域。基于熵的算法对于地形复杂区域的匹配分析是快速有效的，但传统的地形熵算法匹配精度不高，本文引入了地形差异熵的概念并对其进行改进，在选定的地形区域使用MATLAB软件进行了仿真研究。仿真结果表明，改进的地形熵算法在选定的地形区域位置误差在250m左右，可以满足水下航行器的导航要求。