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目的本研究旨在分析和比较中国荷斯坦牛、娟姗牛和水牛的乳蛋白基因多态性。方法根据奶牛多态位点设计引物,采用焦磷酸测序法分析乳蛋白基因多态性,并采用高效液相色谱法进行验证。结果荷斯坦牛和娟姗牛的乳蛋白(β-casein,κ-casein和β-lactoglobulin)均存在基因多态性,而水牛仅在κ-casein上存在多态性且多态位点与另两种奶牛不同。结论中国荷斯坦牛、娟姗牛和水牛的乳蛋白基因均存在多态性,焦磷酸测序法能高通量、快速测定乳蛋白基因多态性。