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随着分子生物学和分子遗传学的飞速发展和微生物核糖体RNA（16SrRNA）数据库中已知序列细菌数目的剧增，16SrRNA在水产增养殖微生物检测鉴定研究中起到越来越重要的作用，作为微生物系统分类和有害微生物的分子检测的主要依据已得到广泛认同。该技术成为细菌分类和鉴定的一个有利工具。笔者对16SrRNA在水产增养殖生物及环境中微生物系统分子分类鉴定及分子检测中的应用作一概述，同时分析该技术在应用中存在的问题。