目的:构建小分子化合物3D结构数据库,为药物设计提供筛选平台。方法:从6个常用的小分子化合物公司的官方平台下载小分子化合物库(Chem Bridge、Chem Div、Inter Bio Screen、Life Chemicals、Specs和Vitas-m),同时通过整理文献获得毒理库、片段库、上市药物库以及天然产物库,用MOE软件对获得的所有化合物进行3D结构生成,通过能量最小化确定小分子化合物的最佳3D结构,并计算指纹图谱及其物理属性。结果与结论:构建了小分子化合物的3D结构数据库。对所有小分子化合物属性的分析表明6个商用数据库所包含的小分子化合物绝大多数具有类药性,但也存在具有毒性的片段;各数据库的物理属性如氢键受体/供体数等分布图不尽相同。该平台产生的数据可以直接用于基于靶点结构的虚拟筛选和3D相似性搜索,亦有助于药物设计者选择具有针对性的数据库进行药物筛选工作。