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当前，对于我国农业企业而言，有二次创新、产学研合作、创新孵化器以及自主研发等科技创新模式，在创新中面临技术、经济、市场和营销风险，存在主体地位较弱、创新水平较低和原始创新不强等问题。在分析我国农业企业科技创新面临的内部瓶颈和外部约束的基础上，提出增强农业企业科技创新能力的两种对策：龙头企业主导重组和科研单位主导孵化，以期为相关领域的政策制定提供一些有益的启示。