基于高通量测序的平均核苷酸一致性在1株弗朗西斯菌鉴定中的应用

来源 :临床检验杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户：smailfish2006

【摘要】

：

目的对一溺水性肺炎患者血液标本中分离的弗朗西斯菌（编号Wenzhou1）进行菌种鉴定。方法采用Illumina二代测序平台2000/mi Seq系统对实验菌株进行高通量测序,Microbe Trakr Plus

【作者】

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张磊郑敏玲王亚柴海云邓光远朱庆义陈茶屈平华

【机构】

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广州金域医学检验中心有限公司微生物室,广州中医药大学第二附属医院、广东省中医院检验医学部,泽塔生物科技上海有限公司

【出处】

：

临床检验杂志

【发表日期】

：

2017年7期

【关键词】

：

西班牙弗朗西斯菌平均核苷酸一致性分析菌种鉴定

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目的对一溺水性肺炎患者血液标本中分离的弗朗西斯菌（编号Wenzhou1）进行菌种鉴定。方法采用Illumina二代测序平台2000/mi Seq系统对实验菌株进行高通量测序,Microbe Trakr Plus软件对测得的全基因组草图进行序列拼接。在Gen Bank数据库中,对实验菌株的16S rRNA基因、mdh基因、rpo B基因和sdh A基因序列进行NCBI BLAST分析,获得与实验菌株遗传关系接近的近缘菌种信息。Java 8运行环境,Ortho ANI软件对实验菌株和近缘菌种进行全基因组序列N

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