【摘 要】
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柴胡属(Bupleurum L.)是伞形科(Apiaceae)中具有重要经济价值的药用类群.本研究利用Illumina HiSeq X Ten平台测序获得北柴胡(B.chinense DC.)和紫花阔叶柴胡(B.boissieuanum
【机 构】
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陕西中医药大学药学院/陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心,陕西西安712046
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柴胡属(Bupleurum L.)是伞形科(Apiaceae)中具有重要经济价值的药用类群.本研究利用Illumina HiSeq X Ten平台测序获得北柴胡(B.chinense DC.)和紫花阔叶柴胡(B.boissieuanum H.Wolff)的叶绿体全基因组序列,对其进行了组装、注释和特征分析,并与同属已发表的叶绿体全基因组进行了比较和系统发育分析.北柴胡和紫花阔叶柴胡叶绿体全基因组大小分别为155 458、155 800 bp,均为由一个大单拷贝区(large single copy,LSC;85 343、85 804 bp)、一个小单拷贝区(small single copy,SSC;17 495、17 410 bp)和一对反向重复区(inverted repeat,IRa/IRb;26 310、26 293 bp)构成的环状四分体结构;两者分别注释得到129个基因,包括84个蛋白编码基因、37个tRNA基因和8个rRNA基因;此外,两者重复序列的类型与分布模式相似,但数量有所差异.比较基因组学分析结果表明,柴胡属植物叶绿体全基因组大小、结构、GC含量及基因组成和排列顺序等在种内、种间均高度保守,IRs区未出现明显扩张或收缩;序列的种间变异高于种内,非编码序列(包括基因间区和内含子)变异高于编码基因序列,LSC和SSC区序列变异高于IRs区;此外,筛选到11条核苷酸多样性较高的种间高变异序列,分别位于LSC和SSC区.系统发育分析结果强烈支持柴胡属为单系,其中,北柴胡同种不同个体聚为一支,并与紫花鸭跖柴胡(B.commelynoideum H.Boissieu)亲缘关系最近,而紫花阔叶柴胡与三岛柴胡(B.falcatum L.)亲缘关系更近.本研究将为柴胡属药用植物的分类鉴定、系统发育及资源开发利用等相关研究提供基础.
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