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从政府投资的复杂产品系统研发项目特征入手，分析了政府主导型复杂产品系统研发项目的利益相关者构成以及项目治理结构模型。研究表明，复杂产品系统项目治理是由内部治理结构、外部治理结构和环境治理构成的混合治理模型，为了提高项目整体效益，需要针对系统集成商与合作单位在项目生命周期不同阶段的治理问题设置并完善治理机制。