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高等职业教育在国民教育体系中占据着重要地位，专业学科建设与开发决定着高职院校的生存与发展，各类学科体系的研究与开发成为学校发展的主题，作为非主流学科的学校体育因此容易被忽视。通过对闽南地区高职非体育院校体育学科体系进行研究，探析高职院校体育学科体系建设：课程建设、课外活动、训练与竞赛管理、医务监督诸方面存在不足。