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针对导弹打击系统目标的问题,建立了基于目标功能损伤度的瞄准点选择方法;在对毁伤树方法进行改进的基础上,提出了描述目标结构与工作流程的目标功能树模型,构造出体现目标整体功能下降的优化目标函数,采用模拟退火算法搜索最优解。通过算例对不同的瞄准点选择方案进行比较,发现考虑目标的功能结构特点时,得到的瞄准点明显优于其它方案。