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传统的基于TSV的三维集成电路时钟树综合流程主要包括抽象拓扑树生成、层嵌入、布线和缓冲器插入．现有的三维时钟抽象拓扑树生成算法大多忽视了对由经典时钟拓扑树生成算法得到的抽象树结构的优化调整．对此提出了一种3D抽象拓扑树优化算法，能够调整特定子树的根节点位置从而优化抽象拓扑树结构．同时，把该优化算法整合到传统的时钟树综合流程中．仿真实验结果表明优化算法可以将三维集成电路时钟网络的总线长减小最多4．56％，而时钟延迟最多可减少14．67％．