煤炭资源开采外部成本包括使用者成本和生态环境成本。论文运用使用者成本法测算2003—2012年新疆煤炭资源开采的使用者成本,并与应交资源税费比较分析;运用市场价值法和恢复费用法估算2012年新疆煤炭资源开采的生态环境成本,并与应交生态环境费用比较分析。结果表明:煤炭资源税从量计征方式不能补偿新疆煤炭资源耗减价值,产生明显代际外部性,而采用从价计征方式则能有效补偿;煤炭开采应交生态环境费用对其生态环境成本的补偿率仅为29.6%,不能有效补偿煤炭开采的生态环境价值损失。研究发现,新疆现行煤炭资源税费标准,不能彻底解决煤炭开采的外部性问题,在"清费立税"情形下,煤炭资源税率定为6%略显偏低。最后建议:地方政府应研究煤炭资源税费改革不同阶段的合理税率;我国应尽快建立生态补偿机制,适时进行环境税改革;完善我国煤炭资源价格核算体系。