为科学有效地评估科技项目对中医药行业的影响,本文选取了国内49家典型的中药上市企业及47个典型的中成药大品种作为研究对象,运用数据包络分析(DEA)、典型相关分析(CCR)、时效分析、波士顿矩阵分析等定量与定性分析方法,考察了中药领域科技投入对科技体制内评估指标(如论文)及体制外客观指标(如经济效益、社会效益及药物疗效等)的作用与影响。基于上述量化评估结果并结合对国外科研项目管理的调研结果,就我国科研项目的立项、验收、资金的使用效率等现状进行总结分析,提出以下建议:1)科技项目考核指标应多样化、差异化并引入科技体制外的评估指标;2)加强对科技成果质量与成果转化应用的评估;3)科技项目的评估应考虑滞后效应,通过时效分析不仅可为项目验收提供客观、合理的滞后时间,还可判断科技投入对产出的影响是锦上添花型还是雪中送炭型;4)加强对项目经费使用效率的评估,改变我国科研经费使用重物轻人、与国际惯例严重脱节的模式与理念。