1949年3月29日，閻锡山逃离太原。5月31日，国民党政府立法院院会投票选举行政院长，阎锡山当选。“东山的土地爷到西山就不灵了”，1950年3月15日，蒋介石组成国民党政府新内阁，任陈诚为“行政院”院长，阎锡山至此被赶出了政治舞台。离职前，“行政院”同仁为其举行了一小型的茶话会。会上，有人引用了老子《道德经》中的两句话，送作安慰：“绝圣弃知，大盗乃止。”阎则感慨说：“无珠宝而不争珠宝，不是不争，是无所争;有珠宝而不争，是自己心上无珠宝，才足为奇。人不污辱你，你不和人争，不是不争，是无争;人污辱你，你不和人争，才是不争。”

　　9月，阎锡山即匿居于台湾阳明山的“菁山草庐”。这里原为日据时代之茶园，时已荒废，人多不愿住，而阎锡山却说：“愈静愈好。”于此建屋，茅草代瓦，竹泥为墙，无电灯、电话、自来水，石子道路，极其坎坷，生活条件，十分简朴。住未久，蒋介石夫妇来访后，命相关部门整修道路，架设电话。陈纳德及夫人陈香梅来访后，赠一小型发电机。为节省汽油甚少使用，以蜡烛照明数年，始有电灯。台湾七、八月间不断有台风来袭，强风屋塌墙倒，拔树断路，茅屋一年间屡坏屡修，亦不安全，遂于地势稍低依山背风处建水泥钢筋顶之窑洞五孔，是他亲自设计监造的带有明显山西窑洞风格的砖石建筑，可依晋北人厌热喜凉的习惯也。其就地取材以石为墙，命名为“种能洞”。“种能”指宇宙本体演变成物及人的根本。阎锡山1950年8月12日的日记对此有记述：“其地为废耕之茶园，杂草及胸，道路坎坷，无电灯电话，饮用山泉，距山仔后公路步行三十分钟，建筑茅屋，从事著述，人以‘菁山草庐’名之。台风一年数至，草庐时受损坏，遂就地取材，建石屋数间，命名为种能洞。并有种能洞命名记曰：‘我到台湾，因不耐炎热兴与暴风雨侵袭，建茅屋于金山（又名菁山）山麓，移居以来，想起内地冬暖夏凉不怕风雨的窑洞，我问台湾同胞，台湾为什么没有窑洞？他们说：窑洞有三个缺点：一潮湿，二空气不流通，三怕地震，适合于北方，不适合于台湾。这三个缺点，经研究全可补救，使用洋灰就防住了潮湿，开前后窗户可使空气流通，至于地震，窑洞与楼房性质一样，是看建筑上设施如何，我遂决定建筑一所窑洞。台湾房屋，中国式、日本式、西洋式都有，特取三式所长，融合为一，为台湾同胞作试验。此窑命名为种能洞，因我向以种能观察宇宙，为配合我的宇宙观而名之。’”
　　洞上刻有一副剖露其心迹的对联：“频年迁播异乡，最难忘三晋风云，六朝城郭;今日欢欣佳节，且来看淡江春水，横海楼船。”窑洞壁厚窗小，光线十分暗淡。阎锡山自己住的一间窑洞面积不大，分别为客厅、卧室、书房。住进“菁山草庐”后，来客甚稀，无都中之烦扰，适于专心致志，专事著述，不会客、不出山、不看戏、不看电影、不赌博、不吸烟、不饮酒、不参加剪彩、证婚等事，几乎与外界断绝联系，过着隐居生活，其子孙亲眷此时也都在国外。他曾言：“言语道断，心思路绝，乃可语学问修养。”阎锡山每日起床后，散步早餐，八至十二时写作，与客会谈。午餐后，休息，下午二时至五时写作，五至六时听报告重要新闻论文及书籍杂志之要闻。六时晚餐，散步，七至九时写作，十时就寝。饭食极为清素。
　　“十年隐居，十年著述”，阎锡山陆续印行出版的“私门之著述”有《世界和平与世界大战》《与慈航法师论道书》《孔子是个什么家》《世界大同纲要》《人应当怎样》《日本应当怎样》《收复大陆与土地问题》等20余种，死以前仍在改写《三百年的中国》的书稿。
　　“种能洞”的名字让人想起当年抗战时，阎锡山在“克难坡”的情形。“克难坡”原名南村坡，三面皆山，西濒黄河，阎锡山于1940年春率第二战区长官部、山西省政府、民族革命同志会等山西首脑机关兑现“宁在山西牺牲，不到他乡流亡”的诺言，由陕西秋林移驻于山西吉县南村坡，因忌讳“南村”与“难存”谐音，故改为“克难坡”。对此，阎锡山于这年5月24日的日记中有记载：“早五时二十分由桑柏出发，东渡黄河观壶口瀑布，九时二十分抵南村坡，改名克难坡。”村子原仅有两家住户，阎到来后大兴土石，依崖掘窑洞数千孔，并亲自题写实干堂、利于堂、乐于堂、合谋室、竞赛室、克难室、万能洞、种能洞等匾于洞口悬挂。“克难坡”也有一间“种能洞”，但此“种能洞”非彼“种能洞”。
　　阎驻克难坡后，其随行家眷居住于一排坐西向东的四孔窑洞中。第一孔窑洞居住着阎的四子志敏和五子志惠;第二孔为阎本人居住，第三孔为会客室，与第二孔相通;第四孔为阎的五妹阎慧卿和其夫梁蜒武所居。时期，不饮茶、不吸烟，一日三餐，均以家乡风味的山药蛋、白菜、豆腐、粉条、肉片烩菜，佐以几碟咸菜，以及馒头等面食为主。当年赵超构撰写的通讯《山西新姿》，对克难坡详尽记录：
　　克难坡，是我们返经过的唯一的山西省境。在抗战前，这里只有三户人家，现在却成了山西省政府与战区司令长官的驻在地了，因而带来了相当密集的人口——然而也不过一万多人，几乎可以说，全是公务人员和他们的眷属。
　　要了解克难坡的地理位置，却很困难。因为这地方太不出名了，地图上是没有的。简单地说，这是濒临黄河西岸的一座山头。黄河沿岸的山，几乎千篇一律，一律是黄土，一律是方块的馒头形，根本无法分出这座山头和那座山头有什么不同。克难坡也便是这种山头村落之一。我们从黄河岸上骑马上山，爬过几条转折的山径，到了山上的平地，看见许多比较考究的窑洞，我们就知道到达目的地了。
　　照理说，克难坡也可以照重庆先例，加上“山城”的称号。但是，更恰当点，我们应当称之为“窑城”。因为在这里，除了窑洞之外，不曾发现别的建筑。机关住宅，都在窑内;阎司令长官的私宅，就是一所大窑洞。我们记者团这回自然也大过其窑中生活。 　　那些窯洞，一排一层地挖在山头，密集有如蜂巢，似乎不见得舒服。可是，窑内的情形，却有我们意想不到的适意。以我们所住的而言，阔度可以容纳两张床和一张方桌，长度可以容纳六张床铺，穹形的窑顶，糊着洁白的纸张，两面有窗，光线充足，阴凉而又爽朗。在重庆，我就未住过如此舒服的房子。

没有商店

　　克难坡市面上有一个特点，便是没有商店，因而也没有市招。
　　依据这里的经济管制，私商是完全消灭了，其详情，下面再说。消灭了私商之后，一切生活用品的分配，均以合作社代之。因此，私人的店号，这里是一家也看不到，当地的报纸上，绝对没有商业广告。除了接受合作社分配的东西，或合作社购销部所供应的一些东西之外，你绝对无法看到什么商品。
　　没有商号，也就没有了后方都市那样倚赖商业的繁荣现象。不仅节约了商业本身的浪费，一般人的消费也自然节约了。例如香烟，就等于禁止。合作社不分配香烟，全山西境内的工厂也不许制造香烟，各地的香烟又没有私商来转贩，那结果自然不禁自绝了。
　　一切的奢侈品，在这里都和卷烟同命。没有分配，也没有贩卖，一切商品在合作社，一切工厂由政府控制，所有的物资分配都由公家掌握，任何私人的商业不能存在。我想，就是苏联大革命后的情形，也不过如此吧。

没有“官气”

　　那么，这里的生活，是不是有点枯燥呢？重庆的朋友请想想。没有香烟，没有口红，没有电影，是不是有点难以过活？
　　告诉你，完全不是那回事。论物质的享受，这里的确谈不到;但是，在这里，我初次见到所谓“精神”这一种力量。
　　我们在重庆，根本就没有想到有这么一个地方。我们虽然听说过山西有它一套政治经济的办法，但我是一向不相信“办法”就是事实的。到这里一看，才使你不能不相信它。
　　和我们记者经常接触的人物，在山西都可以说是“首脑部”。我对于什么委员呀，局长呀，向来是敬而远之的，而这里的人物，却没有一个人给我一个做官的印象。所有的官气，也经抗战抗掉了。
　　服装一律的是草绿布的中山装，横腰一条皮带，根本就和平民一样，也无所谓“平民化”了。说话谈论，没有那种“然而……不过”的官腔，年纪在30到40岁之间，他们每天办八小时的公事（这叫做“抗战劳动”）。另外还要于四小时种菜，养鸡，养猪等工作（这叫做“生活劳动”）。脸孔无例外的都晒成紫色的了，这就是我一向敬而远之，而在这里却变得朝夕亲近的委员、局长们的剪影。
　　在阎先生督导之下，山西的政治口号是“干部第一”。的确，活跃于山西政治舞台的，只是干部，并没有“官”。

一切都归于朴拙

　　为了说明这里军政人员的精神生活，不妨举一两件事为例。
　　虽然是僻地，戴眼镜的人似乎特别多。于是有问题了，眼镜破了怎么办。
　　他们的办法，是在破片上贴外科手术所用的胶布。在这两天中，我就发现贴了胶布的眼镜有五副之多。
　　除此以外，公务员们的勤劳也是可佩的。在我们到此的第二夜，承他们的好意，演剧欢迎。看戏的都得自带凳子。
　　于是在散场的时候，我们就看见成千的公务员，每人肩上抗着一条长凳，排队而过。这是我有生以来所第一次见到的奇异的行列。
　　凳子，是这里唯一可以坐的工具。除了在阎先生的私宅，我们曾看到几张椅子外，在旁几位机关长官的私宅中，就没有见过椅子。
　　我们每天所吃的，真是好到无可再好了。但是所用的餐具，则显然是临时凑合的。酒杯有深有浅，菜盘有瓷的也有铁的。
　　出乎意外，这里居然有电灯，发电机上有许多东西，只是汽车零件凑合的。
　　一切归于朴拙，要说明克难坡的生活，只要用这一句话就够了。

市容与市气

　　观察一个城市，我们常着重于市容，而不知市气。但，市气确是有的。例如在重庆，我们就不难嗅到脂粉气和酒肉气。
　　克难坡的市气，说起来不大好听，是浓厚强烈的马粪气。
　　不管你到哪里，马粪气总跟着你走。
　　就是那些机关里，也总除不了这种气息。那天晚上看戏，我们就在马粪气中足足坐了三个钟头。
　　如前所述，克难坡是吕梁山山脉的一个山头，汽车是无法通行的，往来上下，全靠兽力。驴马成了唯一的交通工具，那么马粪气之重，也是理所当然的了。对于重庆客的鼻官，这气味似乎太刺激，然而一看到这边的驴马，在那血淋淋的，皮肉上面架着鞍子负重爬山的样子，则我们对于这一点点不愉快的气息，如何还能表示不满呢？
　　尽管嗅的难受，但我以为比起重庆城内的脂粉气和酒肉气来，克难坡的马粪气也是健康的。
　　在“克难坡”，阎锡山提出并亲手制订了《抗敌行政十大纲领》《抗战人员必戒二十条》《抗战必要条件六项》。
　　《抗敌行政十大纲领》为：一、事事取得人心。要求行政人员父母其心，公仆其身。二、实行说服行政。要公务员和政治工作人员耐心听人民的反应，知道不服所在，始能说服。三、实行强民政治。要求组训民众，盘查行人，要减少怨声，先要耐得住怨声，计划周到，说服人民怨环境，不怨政治，并且要做到不忍怨政治。四、整理地方武力。五、尽量消除磨擦。六、严格执行纪律。政治是生存在纪律中，无纪律则不成政治，下级必须遵守纪律，上级务必严格执行纪律。七、按期实行考核。八、保障人民权利。能在人民面前抱怨，甚至与人民痛哭一场，更能得到人民同情。九、争取汉奸反正。十、普及革命教育。
　　《抗战人员必戒二十条》为：一、行政不协助军队者必戒;二、军队妨碍行政者必戒;三、有武力而不抗敌，图谋扩张势力者必戒;四、凭借政权作威作福者必戒;五、借抗敌工作而施报复之行为者必戒;六、言论行动足以挑动阶级斗争者必戒;七、假合理负担之名向人民勒索者必戒;八、颠倒是非，排除异己者必戒;九、抹人长，攻人短，只见人错，不见己错者必戒;十、只顾自己利益妨碍或诋毁抗敌整个设施者必戒;十一、军队扰民者必戒;十二、以人为机器，不与人共心者必戒;十三、诬良民为汉奸，私没家产者必戒;十四、滥委人员，成立游击队，强迫人民供应者必戒;十五、对抗敌工作一意孤行，不恤人民痛苦者必戒;十六、越权处罚汉奸者必戒;十七、以旧习惯、旧认识，妨碍抗敌之行为与认识者必戒;十八、固执错误，袒护错误者必戒;十九、行为不光明磊落者必戒;二十、抗战不力抱悲观心理或持失败论调者必戒。 　　《抗战必要条件六项》为：一、巩固人心;二、解除人民无谓痛苦;三、严密组训民众;四、军民打成一片;五、加强民族意识;六、摧毁敌伪政权。

　　其间，阎锡山出行一不乘马二不坐轿，靠的就是毛驴。他骑驴也很特别，手不提缰，脚不踩镫，是由左右侍从护卫着的。当地也传有一则歇后语：阎锡山骑驴——不负责任。在驴背上有何指示，阎脱口而出，秘书则趋前记录。除指示命令外，阎锡山于驴背上还好吟诗，有诗《克难坡感怀》云：“一角山城万里心，朝宗九曲孟门深。俯仰天地无终极，愿把洪炉铸古今。”《沿黄河西岸行，有感水波若世波》云：“一波流去一波推，波波相继不复回。有数英雄随波去，无数英雄逐波来。”情景交融，气魄十足，诗不能说不好。后来，由阎办秘书刘克编辑，油印散发过一本诗集，收诗百三八首，阎定其名曰《骑驴吟》。
　　骑驴吟诗，古来仙风道骨者为之。唐道士张果老是位有名的骑士，常乘一匹白驴，每倒骑之，日行数千里。有人题诗戏张果老：“举世多少人，无知这老汉;不是倒骑驴，万事回头看。”歇后语“张果老倒骑驴——往后瞧”或“骑驴看唱本——走着瞧”，也因此而来。更有趣的是，到了所在，住了脚，便将这驴似纸一般折叠起来，其厚薄如纸，可置之箱中;乘则以水喷之，便又成了真驴状。张果老确有其人，骑驴也不会是无中生有，折驴显然就是演义了。另一位倒骑驴的名士是北宋诗人潘阆。其为人狂放，自号逍遥子，为标榜自己的与众不同，常倒骑着驴满世界闲逛。后因案子牵连，遁人中条山。唐诗人贾岛是位做事非常认真的人。一日，他骑驴途中，忽得“鸟宿池边树，僧敲月下门”句。初拟用“推”字，又思改“敲”字，在驴背上引手作推敲状，不觉一头撞人京兆尹韩愈的仪仗队里，随即被人提至韩面前。当得知此因后，韩不但没有责备他，反而立马良久思之，对贾岛说：“作‘敲’字佳矣。”欧阳修言：“余平生所作文章多在三上，乃马上、枕上、厕上也。”于马上行文赋诗，既节省了时间，又应合了明快节奏，文思与马步同拍，灵感顿发。杜甫曾有行吟坠马的经历。与烈马狂奔不同，驴子除了一点倔脾气，性格较为温顺，但又不失节奏韵律，这也许就是骑驴诗人多、驴上好诗多的原因吧。阎锡山骑驴吟诗，一则公务繁忙，夜以继日，作文也在“三上”;一则却有临危不乱、处事泰然的大家风范，后人难免不将其与古贤相比较。
　　閻锡山有所谓“三快”之说：一快栽树得活，二快说理得明，三快为政得通。“克难坡”的模样，即他治国为政理念缩影般的物化。他还有所谓的“三恨”：一恨尧舜传贤未定制度，二恨井田制废坏，三恨国家允许有利息制。从眼花缭乱的十年计划、县村计划、兵农合一、平民经济等政经方案中，让人体会到了一些乌托邦式的不现实。他想以“克难坡”的意志、“克难坡”的经验，再复制一次成功，然阳明山终不是吕梁山，“种能洞”也不是“克难坡”，二十多部著述却敌不过一本薄薄的《骑驴吟》。在台期间，阎锡山的作品发表后，蒋氏父子表面恭维，背后不以为然。就连在台的晋籍老人也讽刺他的著作是“表功之作”，是“空空对空空，有声亦无声”。
　　1959年，香港《真报》记者采访阎锡山，在谈到反攻大陆时，他大发议论：“一旦如能配合国际局势，王师跨海北进，直捣黄龙，毫无问题。诸位别看阎锡山已经老态了，真个反攻号响，看吧，我还是要请求率领健儿再打几个胜仗给国人看看，我有信心。生从太原来，我这把老骨头仍将活着回太原去。”“回太原”这才是他心底真正的愿望，在“克难坡”时想回太原，终于回来了，在“种能洞”也想回太原，只是“落花流水春去也”，此间他已七十七高龄。然岁月无情，山河无望，第二年，即1960年5月23日，阎锡山在“种能洞”寓所突患重感冒，经医院确诊为心脏病，不治而逝，终年78岁，葬于阳明山七星山之阳。真可谓“成于守土，败于守土，三晋由来华夏土;出也乘云，人也乘云，百年重见故乡云。”生前，他自制挽联数幅，其中一幅写道：“有大需要时来，终能成大事业;无大把握而去，终难得大机缘。”