消化道肿瘤和急腹症、腹部外伤、消化道出血患者是胃肠外科日常收治的主要病患，发病率高且病情危急，多需急诊或限期手术治疗。在新型冠状病毒肺炎（新冠肺炎）疫情防控期间兼顾这类患者的医疗需求，面临巨大挑战。随着新冠肺炎疫情防控取得阶段性成果，南方医科大学南方医院胃肠外科逐渐有序恢复了日常诊疗工作。在日常诊疗工作过程中，采取了强化院前筛查、围手术期防控、医护人员防护、病区管理四大环节的管控策略，主要措施包括：入院前严格执行预约制和分诊制，进行流行病学及病毒核酸初步筛查；围手术期完善胸部CT检查，再次排查新冠肺炎；减少飞沫及气溶胶传播风险，微创联合加速康复外科理念降低患者易感性、缩短术后住院时间；加强医护人员专项感控培训，严格执行分级防护，建立胃肠外科疫情防控体系，进行应急预案现场演练；病区设置独立病房，筛查并固定陪护人员，严格执行环境及物品消毒。我们的初步实践表明，遵循广东省新冠肺炎防控指挥办发布的工作指引，结合胃肠外科临床特点采取精准的管理策略，可以安全恢复日常诊疗，兼顾疫情防控和广大胃肠外科患者诊疗需求。