考虑到农业生产的特殊性质,及乡村社会的性质,很多人希望农民通过合作社的方式组织起来。因而,各地都出台了鼓励农业专业合作社的法规、政策,但现实中,农民自己组织起来的合作社却遇到各种各样的麻烦。例如,《农民专业合作社法》实施两年了,但合作社优惠政策的落实依旧遭遇部门协调难题,这是各地农民专业合作社发展过程中普遍存在的现象。
　　应当说,合作社这样的组织古已有之,但其大发展应当是在十九世纪的欧美,其时形成了声势颇为浩大的合作社运动。在合作社运动中,可以看到两大类型的合作:主要由农民资格的生产者合作社,及主要由非农业人口组成的消费者合作社。目前各地政府鼓励发展的,正是前一类合作社,这类合作社的目标是以某种合作的方式销售农产品,有的时候,也共同采购农业生产资料、甚至农户所需的消费品。
　　合作社形成的潜在动力是农民自发的合作倾向。与城市人口的生产、生活形态大不相同的,每个农户像企业一样经营,每个成年农民就是企业家。他必须仔细地安排家庭的生产、经营、消费活动。在传统农业生产中,农民就会进行某些合作,比如在农忙时互相帮助。随着现代市场秩序扩展,农民必须在远距离市场中与来自城市的大型企业打交道。从农民角度看,其谈判能力较低;从城市企业角度看,与每个农民打交道成本也太高。因而,这个时候会在城乡之间形成某种组织合作的交易管道,它或者采取一般企业形态,即由专业农产品营销公司收购农民的产品再向外地出售;或者农民自己组织起来,一方面降低交易成本,另一方面提高谈判能力。
　　因此,自从人民公社解体、恢复农户个体经营之后,乡村就出现了各种形态的合作组织,农民专业合作社法规只不过是承认了这样一个事实,并给予法律、政策上的保障而已。
　　当然,不论在国外、还是在中国,合作社的出现也始终与社会运动有密切关系。合作社运动中所主张的合作社,是区别于资本主义生产方式中的企业。对于农民来说,成立合作社是农民组织生产活动的最佳形态。具体是不是这样,农业生产通过企业形态组织是否可行,这可以讨论。但有一个事实是确定的:不论从历史上还是从理论上看,合作社从一开始就有别于一般企业。似乎也正是因为这一事实,政府也给予获得注册认可的合作社以一定的优惠政策,比如减免税收。这些优惠政策,正是由合作社的性质决定的,因为,合作社毕竟不是一般工商企业。
　　然而,从目前的情形看,整个社会似乎尚未接受合作社这种组织形态,尤其是在中国经历过五十年代大规模强制性合作社的历史之后,人们现在已经很难理解自愿性合作社的性质。政府各个机关并未充分意识到合作社作为一种法人组织的特殊性。目前各地在执行合作社法时,往往没有区分清楚合作社的性质。
　　农民合作组织是市场经济的产物,它是处于市场竞争不利地位的弱小生产者按照平等原则,在自愿互助的基础上组织起来,通过共同经营,实现改善自身经济利益或经济地位的组织。但在从事生产、经营的过程中,却遭遇法律不同标准的尴尬地位,合作社参与市场经济竞争的地位难被认可。
　　而我国《民法通则》将法人分为企业法人和非企业法人,非企业法人又分为机关法人、事业单位法人和社会团体法人。企业法人是指以营利为目的,独立从事商品生产和经营活动的法人。合作社非以营利为目的,显然难将其归入企业法人类;与此同时,合作社不具有公益性,更难将其归入非企业法人类。大陆法系传统民法学将法人分为公法人和私法人、社团法人和财团法人、公益法人、营利法人和中间法人。但这仅是一种理论上的分类法,在我国不能作为法人登记的直接援用根据和标准。因此,应该修改民法通则,设立合作社法人的分类,从根本上解决问题。在不突破现行法人分类的前提下,将农民合作经济组织作为一种特殊类型的企业对待。