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在IEEE1588精密时间协议的应用中，为了进一步提高同步精度，应该引入对从时钟频率的漂移补偿。在介绍了IEEE1588时间同步过程及版本2中新增内容的基础上，阐述了一种频率漂移补偿算法并建立基于IEEE1588的时钟同步系统验证该算法。实验结果表明该算法在各种网络环境下都能有效地提高时间同步精度，对于电力、测控等有高精度时间同步需求的领域具有一定意义。