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目的
通过对正常人和慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者肺组织的芯片数据进行生物信息学分析,探究参与调控COPD的Hub基因及其在COPD中的作用。
方法从GEO数据库中下载mRNA表达谱数据集GSE106986,筛选出正常人和COPD患者这2组样本的肺组织之间的差异表达基因,并对其进行功能注释,根据蛋白质互作网络筛选出参与COPD调控的Hub基因。使用CIBERSORT数据库进行免疫细胞类群分析,进而探讨Hub基因在COPD中的作用。
结果GSE106986及KEGG信号通路富集分析显示共有47个差异表达基因,其中有37个上调基因主要参与疟疾、氨基糖/核苷酸的糖代谢、果糖/甘露糖代谢和补体途径,而10个下调基因主要参与脂肪酸生物合成过程。基因本体论富集分析表明,差异表达基因主要参与对细菌的防御反应、细胞外基质和结构的形成及负性调节凝血等生物过程。蛋白质互作网络分析共筛选出Hub基因:FGG、FGA、IL-6、SERPINE1、SPP1。结合CIBERSORT数据库对2组样本进行免疫细胞类群分析发现,Hub基因SPP1可能主要通过作用于树突状细胞、单核细胞或巨噬细胞参与COPD的发生、发展。
结论COPD患者肺组织中差异基因表达可能导致代谢及细胞生物功能异常,而SPP1基因则可能通过作用于上述免疫细胞参与COPD的发生、发展。