在無預警狀況下，陸委會副主委、海基會副董事長兼秘書長張顯耀，突遭長官告知「調職接受調查」，至於「調查項目」，張的長官顯然有所隱瞞，導致張顯耀在沉思兩天後，連發兩則短訊，使一場海陸大戰轟然開打。馬英九不顧行政程序堅持撤換張顯耀，而張有違官場倫理砲打黨中央，暗示張的去職內情極不單純，有可能是張踩到馬英九設定的紅線，逼使馬不得不做斷然處置，以免傷及兩岸政策的運作。
　　對於張顯耀的下台，開始時流傳兩則消息，一是與緋聞有關；一是與張志軍來台受到不禮遇事故有關。事後皆證明非事實，顯現張的下台應另有隱情。
　　當兩則外傳消息都不成立，陸委會內部曾傳出張與長官王郁琦不合的流言。事實上，張與王不合的流言，並不始於今日，遠在張接任陸委會副主委時即已存在。由於張出身民意代表，與藍綠橘和無黨聯盟大佬都有許多不為人知的交情，因而張常接受各黨派請託事務向大陸反映，久而久之，張與王郁琦、林中森之間產生權力摩擦，這些都是小事，彼此還能容忍。直到6月2 7日張志軍來台遭潑漆，與8月5日張率團赴北京參加兩岸經合會，有幾件事的處理，張採取「先斬後奏」的模式，向台北當局回報，終於觸怒國安高層。碰巧此時有多通舉發張逾越權責的「黑函」送達馬金手中，促成馬金決意撤換張，由王郁琦出面執行，這就是所謂「調離現職接受調查」的由來。
　　僅憑黑函定罪既不道德也不公平
　　馬金王與張顯耀撕破臉的關鍵，「黑函」扮演必要的推手。由於黑函指証歷歷地點出張與台灣南部某本土財團往來密切，張即有可能為朋友在兩岸政商圈內居中牽線，所以踩到馬的「紅線」。於是在8月12日～13日間經相關處理程序，14日張就被告知「調離現職靜候調查」，陸委會旋即召開記者會証實張去職消息。
　　從馬金王處置張去職的過程，不難發現與馬處理王金平的模式如出一轍，除搞到絕情絕義外，還扯出相關的國安紀律問題。國安是馬最在意的法定職掌，找張出任副主委主持兩岸事務談判是馬英九；認定張違反國安紀律的也是馬英九，短短兩年間馬對張觀感改變，僅憑黑函舉發就定張的罪，對張而言，既不道德也不公平；難怪會引起張的反彈，要求馬金王講清楚他去職的原因，究竟是「罪証」明確？還是另有隱情？反觀馬金王以拖待變，要經調查屬實才能公佈張去職「罪証」，於此在馬金王不願說破，張又緊咬不放狀況下，看來這場海陸鬥法大戲仍會唱下去，這對未來兩岸邁向深水區的談判，是福？是禍？後果已非馬英九所能決斷。