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为解决当前造船企业生产计划频繁调整导致制造成本增加的问题，本文针对船舶制造“边设计、边生产”的特点，以单件小批生产单元制造成本控制为研究对象，构建满足目标分解成本、交货期与制造资源限制或资源可扩充但有代价情形下的造船单件小批生产单元制造环节的成本控制模型，运用遗传算法对该模型求解，并以国内某船厂生产单元为例进行计算和分析。结果表明，该方法能够有效寻找目标成本与资源约束或资源可扩充条件下的单件小批生产单元作业安排，实现制造环节的动态成本监控，为造船企业提升成本管控水平、实现准时化生产提供决策参考。