【摘 要】
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蛋白质网络比对在寻找不同物种同源性的关系、蛋白质功能预测和保守功能模块挖掘等方面具有十分重要的生物学意义。针对现有的网络全局比对算法的不足,提出一种改进的蛋白质网络全局比对算法(IGA-PPIN)。首先,根据待比对的蛋白质网络的分层聚类结果来计算蛋白质的同源得分,并将序列信息、局部和全局网络拓扑信息均考虑在内计算蛋白质的拓扑得分,将两者结合后作为蛋白质比对得分;然后利用匈牙利算法和比对得分计算两个
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蛋白质网络比对在寻找不同物种同源性的关系、蛋白质功能预测和保守功能模块挖掘等方面具有十分重要的生物学意义。针对现有的网络全局比对算法的不足,提出一种改进的蛋白质网络全局比对算法(IGA-PPIN)。首先,根据待比对的蛋白质网络的分层聚类结果来计算蛋白质的同源得分,并将序列信息、局部和全局网络拓扑信息均考虑在内计算蛋白质的拓扑得分,将两者结合后作为蛋白质比对得分;然后利用匈牙利算法和比对得分计算两个PPIN中蛋白质的最优匹配;最后以初始比对结果为指导,采用迭代策略使仍然存在的进化保守相互作用的数量最大
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