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隐马尔可夫模型(HMM)是一个能够通过可观测的数据很好地捕捉真实空间统计性质的随机模型,该模型已成功地运用于语音识别,目前HMM已开始应用于生物信息学(bioinformatics),已在生物序列分析中得到了广泛的应用.本文首先介绍了HMM的基本结构,然后着重讨论了HMM在DNA序列的多重比对,基因发现等生物序列分析中的应用.