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新疆医科大学第五附属医院的前身为“乌鲁木齐铁路局中心医院”。该院成立于1937年。时为“镇江铁路医院”;1958年以“兰州基地医院”进新疆后,更名为“乌鲁木齐铁路局中心医院”;2004年6月。随着铁路主辅分离改革,医院整建制移交新疆医科大学,成为新疆医科大学第五附属医院暨第五临床医学院。