【摘 要】
:
目的 利用生物信息学分析技术筛选和鉴定参与肝细胞癌(HCC)进展的核心基因,并评价其在HCC发展及预后中的潜在价值.方法 从GEO数据库筛选出HCC基因数据集GSE101685、GSE84402和GSE46408,利用GEO2R对差异表达基因(DEGs)进行分析.采用DAVID数据库构建基因功能注释和通路富集分析.利用STRING数据库构建蛋白质互作网络(PPI)图,并用Cytoscape进行可视化分析,筛选出关键模块并获得核心基因.使用cBioPortal数据库进行生存分析.通过ONCOMINE数据库分
【机 构】
:
遵义医科大学第三附属医院/贵州省遵义市第一人民医院检验科,贵州遵义563000;遵义医科大学第三附属医院/贵州省遵义市第一人民医院中心实验室,贵州遵义563000;遵义医科大学第三附属医院/贵州省遵义
论文部分内容阅读
目的 利用生物信息学分析技术筛选和鉴定参与肝细胞癌(HCC)进展的核心基因,并评价其在HCC发展及预后中的潜在价值.方法 从GEO数据库筛选出HCC基因数据集GSE101685、GSE84402和GSE46408,利用GEO2R对差异表达基因(DEGs)进行分析.采用DAVID数据库构建基因功能注释和通路富集分析.利用STRING数据库构建蛋白质互作网络(PPI)图,并用Cytoscape进行可视化分析,筛选出关键模块并获得核心基因.使用cBioPortal数据库进行生存分析.通过ONCOMINE数据库分析核心基因与HCC进展的关系.结果 在3个基因数据集中共筛选到261个DEGs,其中上调基因124个,下调基因137个.KEGG分析结果表明,DEGs主要参与细胞周期、DNA复制、视黄醇代谢等通路.PPI分析鉴定出10个核心基因,其中OIP5、HGFAC、FLVCR1与HCC分级、卫星结节和血管浸润有关,FLVCR1与患者生存情况有关.结论 该研究成功筛选出与HCC相关的DEGs和核心基因,其中OIP5、HGFAC、FLVCR1有望成为HCC诊疗和预后的生物标志物.
其他文献
目的 探索视网膜色素变性1基因(RP1)的新突变及其与特殊临床表型的相关性.方法 将2018年1月至2019年7月在山东省滨州市人民医院眼科确诊的视网膜色素变性的25个家系的86例患者纳入研究,收集临床相关资料.采用高通量二代基因测序对患者及家系样本进行基因测序,用Sanger验证确认基因变异位点,并进一步分析患者相关致病基因变异与临床表型.最后用Next GENe5.4.5分析软件分析基因变异与特殊临床表型的相关性.结果 在本研究纳入的25个家系先证者中,检出RP1基因中有9个未报道致病基因突变位点,即
目的 探讨采用高通量芯片检测系统性红斑狼疮(SLE)家系成员的自身抗体的价值.方法 选择该院确诊的7例SLE患者(来自3个SLE家系)作为病例组,家系1中未诊断为SLE的4名健康者作为对照组.通过高通量芯片法检测病例组和对照组自身抗体水平,比较检测结果的差异.结果 热图结果显示,病例组120种自身抗体水平总体较对照组上调.与对照组比较,病例组抗dsDNA抗体、抗ssDNA抗体、抗染色体DNA抗体、抗胶原Ⅵ抗体、抗硫酸软骨素C抗体、抗GP210抗体、抗U1-snRNP 68/70抗体、抗U1-snRNP C
目的 分析血清分泌型蛋白Dikkopf1(DKK1)、细胞质胸苷激酶1(TK1)水平与老年胸段食管癌患者根治术后复发、转移的关系.方法 选取2016年6月至2018年6月于该院接受根治术治疗的63例老年胸段食管癌患者为研究对象,全部患者术后均接受为期3年的随访,依据随访期间复发、转移的发生情况分为发生组与未发生组,比较两组一般资料、实验室检测结果 ,分析根治术前血清DKK1、TK1水平与患者术后复发、转移的关系.结果 63例老年胸段食管癌患者发生复发、转移26例,发生率为41.27%;发生组术前血清癌胚抗
目的 探讨EB病毒(EBV)感染患儿EBV-DNA载量与机体免疫及肝肾功能的相关性.方法 选择该院2016年5月至2019年5月收治的EB V-DNA阳性患儿90例为研究对象,按照EBV-DNA载量的差异分成低载量组(5×105 co py/mL)22例,另取同期于该院接受体检的健康儿童50例作为对照组.比较各组T淋巴细胞亚群、免疫球蛋白(Ig)、丙氨酸氨基转移酶(ALT)、天门冬氨酸氨基转移酶(AST)、总胆红素(TBil)、尿素(BUN)、血清肌酐(Scr)、尿酸(UA)水平.分析EBV-DNA载量与
目的 探讨6~8岁青春发育早期女性外阴阴道的感染特征及其与季节的关系.方法 回顾性分析540例6~8岁青春发育早期女性外阴阴道感染状况,分析其不同年龄段、不同季节细菌性阴道病(BV)发生率、炎症发生率、优势菌异常率和假丝酵母菌外阴阴道病(VVC)发生率的差异.结果 青春发育早期女性BV发生率、炎症发生率、优势菌异常率、VVC发生率分别为38.52%、16.85%、23.33%、1.11%;B V发生率高于VVC发生率,两者比较差异有统计学意义(P<0.05);优势菌异常中革兰阳性球菌检出102例(80.9
目的 探讨良性阵发性位置性眩晕(BPPV)相关的影响因素.方法 选取2018年9月至2020年9月于该院神经内科就诊的BPPV患者126例作为BPPV组,选取同期年龄、性别相匹配的70例体检健康者作为对照组.记录两组人群的性别、年龄、饮酒史、吸烟史、糖尿病、高血压、家族冠心病史、偏头痛病史.检测白细胞计数(WBC)、血小板(Plt)、血红蛋白(Hb)、三酰甘油(TG)、总胆固醇(TC)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、尿酸(UA)、肌酐(Cr)、钙离子(Ca2+)、无机
目的 探结论讨血浆小而密低密度脂蛋白(sdLDL)及sdLDL/低密度脂蛋白(LDL)、sdLDL/高密度脂蛋白(HDL)与缺血性脑卒中梗死面积、美国国立卫生研究院卒中量表(NIHSS)评分的关系及其预测重度卒中发生的诊断价值.方法 回顾性分析2020年4月至2021年3月就诊于福建医科大学附属泉州第一医院的272例缺血性脑卒中患者的血浆sdLDL水平、梗死面积大小、NIHSS评分等临床资料.比较不同梗死面积、不同NIHSS评分亚组血浆sdLDL及sdLDL/LDL、sdLDL/HDL.采用Spearma
目的 探讨联合检测肾母细胞瘤基因1(WT1)和融合基因在急性髓细胞性白血病(AML)微小残留病(MRD)中的应用价值.方法 收集2018年1月至2020年12月于该院确诊并完成RUNX1-RUNX1T1、早幼粒细胞白血病蛋白(PML)/视黄酸受体(RAR)α和WT1基因检测的伴重现性遗传学异常的AML患者.检测RUNX1-RUNX1T1、PML/RARα和WT1转录本水平,将RUNX1-RUNX1T1、PML/RARα融合基因转录本水平为0% 看作融合基因阴性组,将RUNX1-RUNX1T1或PML/RA
目的 探讨系统性红斑狼疮(SLE)患者血清黏附分子E-钙黏蛋白(E-cadherin)、干扰素-α(IFN-α)、抗β2糖蛋白1抗体(β2-GP1-Ab)水平及与疾病活动强度的关系.方法 选取该院2017年8月至2020年8月收治的196例SLE患者为研究对象,依照SLE疾病活动型指数(SLEDAI-2000)评分标准将196例SLE患者分为稳定组65例、轻度活动组51例、中度活动组42例和重度活动组38例.另选择同期40例体检健康者作为对照组,采用酶联免疫吸附试验检测血清E-cadherin、IFN-α
目的 探讨RhD阴性孕妇产前免疫球蛋白(Ig)G抗体效价监测对新生儿溶血病(HDN)的诊断意义、Rh-HDN血清学试验及临床换血疗法治疗情况.方法 回顾性分析2018年1月至2020年8月该院产科门诊收治的209例RhD阴性孕妇IgG抗体及同期在该院分娩的新生儿血清学试验检测结果及患儿临床资料.结果 209例孕妇中IgG-抗A(B)效价>64的有80例,IgG-抗D阳性49例;临床确诊ABO-HDN 39例,全部为O型孕妇,确诊Rh-HDN 7例,O型孕妇1例、A型4例、B型2例;Rh-HDN特异性抗体鉴