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有一些研究已经表明生物系统是由功能模块间的相互作用组成的。因此,鉴别这些功能模块对于理解生物系统的模块性和组织结构是十分必要的。本文提出了一个框架来鉴别功能模块通过整合蛋白质互作网络和基因表达谱数据。应用算法于双重加权酵母蛋白质互作网络中,得到了120个功能模块。这些模块显著的富集在蛋白质相关的GO的生物学过程上。因此,本文提出的算法可以很好的挖掘蛋白质互作网络中功能模块。