目的运用数据包络分析法对绩效工资实施前后福建省三个县基层医疗卫生机构效率变化情况进行评价,了解绩效工资政策实施现状和存在问题。方法选用数据包络分析法中的CCR模型和BCC模型,并使用SPSS 19.0和DEAP2.1软件对仙游、建阳、福鼎三个县(市、区)2009年和2011年的投入、产出数据进行分析,测算基层医疗卫生机构绩效工资实施前后的整体效率、技术效率、规模效率。结果指标得分上,三个县基层医疗卫生机构2011年各项效率指标得分均值较2009年都有所下降。机构分布上,三个县2009年整体效率有效机构数21家,占45.65%;技术效率有效机构数29家,占63.04%;规模效率有效22家,占47.83%。2011年,三个县整体效率有效的机构数11家,占23.91%;技术效率有效的14家,占30.43%;规模效率有效机构数12家,占26.09%。县域间比较,建阳县在政策实施前后各项效率指标得分都高于其他两县。结论绩效工资在保障和改善基层卫生人员工资待遇方面达到政策预期,但在调动基层卫生人员工作积极性方面效果不明显。应进一步加大对基层医疗卫生机构的投入,完善绩效工资激励内容,调动基层卫生人员工作积极性,提高资源利用效率。