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【目的】基于第三代高通量测序技术--单分子实时(SMRT)测序开发凡纳滨对虾微卫星分子标记,为凡纳滨对虾的遗传育种研究提供基础资料。【方法】采用SMRT测序对凡纳滨对虾转录组进行测序,经Illumina测序纠错后利用MISA对获得的转录组数据进行分析;以Primer 3.0设计微卫星引物,随机挑选40对微卫星引物进行PCR扩增验证,并选用扩增成功且具有多态性的微卫星引物用于不同养殖家系凡纳滨对虾遗传多态性分析。【结果】凡纳滨对虾转录组SMRT测序共获得51367条非冗余全长转录本序列,鉴定出39674条微