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水稻育性恢复基因是鉴别籼粳亚种的关键基因。本研究利用育性恢复基因Rf-1位点上的特异性引物68923-8对来源不同的籼、粳稻恢复系及非恢复系进行PCR片段的序列比对及遗传距离分析。结果如下:在籼稻中,非恢复系间的一致性为94.97%,恢复系间的一致性为88.03%,恢复系与非恢复系之间的一致性达到91.56%;粳稻中,非恢复系间的一致性为91.56%,恢复系间一致性为57.48%,但恢复系与非恢复系间的一致性却较低,为36.53%;比较籼粳稻之间发现,二者非恢复系间的一致性为57.66%,恢复系间的一致性为54.71%。遗传距离的分析也揭示与此相似的结果。聚类将供试材料分成三大枝:第一大枝包含籼稻恢复系、籼稻非恢复系及1个粳稻恢复系Ansanbyeo;第二大枝包含6个粳稻非恢复系;而滇玉型恢复系南34与BT型恢复系C418则单独成第三大枝,而且与其它两枝的同源性较低。结果表明:水稻籼-粳亚种的遗传变异反映在育性恢复基因R f-1位点的DNA序列变异上。