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通过正交试验表L18（3^7）对水稻ISSR—PCR反应中5个因素（Mg^2＋、Taq酶、dNTP、引物和模板DNA）在3个水平上进行优化试验，利用软件SPSS16．0分析试验中各因素内水平显著性及因素间交互作用，筛选出各因子的最佳水平，建立水稻ISSR反应体系，并对水稻ISSR最佳反应体系的退火温度和循环次数进行梯度试验，发现ISSR引物855的最适退火温度为50℃，循环次数为40次。这一优化水稻ISSR—PCR反应体系，为进一步对水稻的种质资源鉴定、分子遗传图谱的构建等奠定了良好的基础。