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富营养化湖泊的生态修复需要从工程治理辅助生态治理手段。工程治理包括控制外源污染尤其是农业面源污染，减少内源污染，投加化学试剂，以及人工湿地，引水冲污等；生态措施的核心是建立水生植被，即因地、因时制宜地恢复和重建水生植物群落；通过生物控制控制藻类生物量；进行沿岸带生态建设，恢复湖滨湿地和湖岸绿化等。在构建水生态系统的同时，还应进行湖泊的景观生态规划，合理开发湖泊的景观价值。