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人Ｂ细胞Ⅱ类组织相容性糖蛋白ＨＬＡ－ＤＲ１经Ｘ线衍射分析测定，证明其三维结构与Ｉ类ＨＬＡ分子的三维结构相似。肽（抗原）以伸展的构型结合于抗原结合小沟（ａｎｔｉ－ｇｅｎ－ｂｉｎｇ ｇｒｏｏｖｅ），并从小沟开放的两端伸出。在接近小沟一端有一个突出的非极性袋状结构，其中容有抗原的侧链。结晶形ＨＬＡ－ＤＲ１，其Ⅱ类αβ异二聚体以二分子聚合物形式存在，提示Ⅱ类ＨＬＡ的二分子聚合是Ｔ细胞活化过程中启动胞浆信号