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近年来,肠道菌群在中药发酵中的相关研究已成为国内外学者关注的热点.中药多以汤剂口服形式进入人体,但中药中的很多有效成分难以被人体细胞直接吸收,这些成分进入到胃肠道内后与肠道菌群发生相互作用,进而发挥药效.因此,肠道内的微生物与中药化学成分在机体内的生物转化息息相关.人体胃肠道中栖息着大量的微生物菌群,它们的和谐共处不仅关系到机体的生物转化,还会影响到宿主的健康.笔者检索了近年来的相关研究文献,综述了中药的微生物发酵,中药与微生物之间的相互作用,肠道菌群与疾病的发生发展等方面的研究,并对肠道菌群应用于中药发酵进行展望.