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随着肠道微生态科学的发展，益生菌已让越来越多的IBD尤其是UC患者获益，但是益生菌治疗IBD尤其是CD的机制尚不清楚，且粪便菌群移植(FMT)在IBD中的应用还存在较多有待探讨的领域。由于益生菌治疗IBD涉及的机制复杂，所以临床上较难把控其依据及指征。本文将益生菌治疗IBD的机制分为免疫、微生物、营养和精神心理四大途径进行梳理，以期为临床选择益生菌提供清晰的思路。