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HBV感染后的自然病程极为复杂,它受到许多因素如病毒、宿主的免疫状态以及肝细胞的状态等影响。现在认为慢性HBV感染的自然史由3个阶段组成,包括免疫耐受期、免疫清除期（HBeAg阳性乙型肝炎）、免疫控制期（HBV非活动复制期）。正确认识慢性HBV感染的自然史,对于患者的长期管理以及治疗是非常重要的。研究显示抗病毒治疗能够改善患者的肝病情况,特别是那些对抗病毒治疗应答良好的患者。长效干扰素以及新的核苷（酸）类似物在临床上具有较好的应答率以及低耐药率,长期使用可使患者受益。但治疗结局还不能完全满足长期治疗的要求