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在自适应卡尔曼滤波算法的基础上提出了一种带模型偏差的GPS伪码跟踪误差估计器。分析了偏差产生时信息均值的变化规律，以此构造统计量来检验模型偏差，并根据检验结果以最小二乘法估计其量值。同时，为增强伪码跟踪误差估计量的数值稳定性，将平方根算法与自适应卡尔曼滤波算法相结合，给出了偏差模式下的伪码跟踪误差估计算法。仿真结果表明该算法有效。