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细菌是自然界中最古老的生物种群之一，不同菌种之间甚至是同一种菌的不同株系之间也具有丰富的遗传多样性，在表型特征上具有明显分化，这些分化的遗传基础主要源自菌株之间的基因组遗传信息的差异。为了更全面地在基因组水平上揭示细菌种内个体问的遗传多样性，进一步探寻个体间的系统发生关系和个体间表型差异的遗传基础，科学家提出了细菌泛基因组学的概念，该文对细菌菌种遗传多样性的形成机制、泛基因组的研究策略及其在细菌研究中的应用和进展等作一综述。