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目的
揭示黑素瘤中可能与泛素结合酶2S(UBE2S)存在相互作用的基因,探讨UBE2S参与调控黑素瘤细胞生物学行为的分子机制。
方法将A375黑素瘤细胞分为基因敲降组和阴性对照组,分别用含LV-UBE2S-RNAi(14011-1)的慢病毒和CON053慢病毒转染细胞构建UBE2S敲降细胞株和阴性对照细胞株。提取两组细胞株RNA,并将其纯化及片段化,与芯片探针杂交洗染获取芯片数据。采用Ingenuity路径分析软件对获得的差异表达基因的芯片数据进行进一步解析,鉴定可能与UBE2S存在相互作用的基因,应用免疫印迹法对UBE2S调控的下游分子进行验证。采用双尾t检验筛选差异基因。
结果在基因敲降组与阴性对照组之间共筛选出差异倍数绝对值> 2且P < 0.05的差异基因512个,其中上调基因247个,下调基因265个。差异基因信息的Ingenuity路径分析结果证实,干扰素信号和肝X受体/视网膜X受体活化通路显著激活,真核起始因子2和核因子κB信号通路则被抑制。预测上游调控因子中IFNA2为强烈激活,核因子κB(复合物)被抑制。综合以上生物信息学分析结果,推测黑素瘤细胞UBE2S基因可通过调节IFITM1、STAT1、ISG15和TNFRSF11B基因的表达发挥功能。免疫印迹显示,A375细胞UBE2S基因敲降前后,IFITM1蛋白均未表达,敲降后ISG15蛋白表达上调19.94倍,STAT1蛋白表达上调1.47倍,TNFRSF11B蛋白表达下调79.1%。
结论UBE2S可能通过与STAT1、ISG15和TNFRSF11B的相互作用,共同调控黑素瘤肿瘤细胞生物学行为。