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衣原体分泌性蛋白是由衣原体基因编码并分泌到宿主细胞胞浆中的具有酶活性蛋白，研究最多的是蛋白酶体样活性因子即CPAF。CPAF能抑制IFN-γ诱导的MHC分子的表达、裂解角蛋白-8并通过裂解宿主细胞唯BH3域蛋白参与抗凋亡作用。2005年又发现两种肺炎嗜衣原体的分泌性蛋白CPn0796和CPn0797，但对其研究不多。