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目的探讨两种质谱仪Biotyper MS和Vitek-MS系统在临床常规分离细菌鉴定中的应用价值。方法收集沈阳军区总医院2012年3月至2013年1月分离自血液、尿液、脑脊液、分泌物和痰液等标本的临床常见菌细菌149株(包括14个菌属和30个菌种)。同时采用两种MALDI-TOF-MS系统对上述菌株进行鉴定,结果与Vitek2compact常规生化鉴定进行比较,对3种方法检测结果不一致菌株用16Sr RNA测序进行确认。结果在149株常见细菌中,Bruker Biotype属和种的正确鉴定率分别为98%和96%,Vitek-MS属和种的正确鉴定率分别为97%和95%。两者均无错误鉴定菌株。结论对该组常见细菌,两种质谱仪鉴定结果比较差异无统计学意义(P>0.05),均呈现出优异的鉴定水平,适合用于临床微生物的常规鉴定。