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基于离子阱串联质谱仪的鸟枪法是一种高通量的蛋白质鉴定方法。得到的数据一般使用软件SEQUEST搜索蛋白质序列数据库，得到肽段鉴定列表以及相应的打分。为了得到蛋白质鉴定列表，还需要进行肽段鉴定结果的过滤和假阳性率的计算，然后根据肽段鉴定结果组装蛋白质列表。这两个问题目前还没有很好地解决。对已有的方法进行总结和比较，可以给搜库结果解释方法的选择提供参考，对数据质量控制方法的改进也有所帮助。