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对2005～2007年分离自云南省辣椒疫病的病原菌进行分子生物学鉴定，并对病原菌的群体特征进行研究。PCR特异性扩增表明，引起云南辣椒疫病的病原菌是辣椒疫霉。交配型测定显示，234个云南辣椒疫霉菌株由A1,A2和A1A2(自育型)3种交配型组成，以A2和AlA2交配型为主。其中，A2占45.3%, AlA2占43.2%, A1仅占11.5%。大部分产区3种交配型共存，在田间进行有性生殖的可能性很大。甲霜灵敏感性测定的200个菌株中，甲霜灵敏感菌株是主要菌系，占测定菌株的95.5%，中抗和抗性菌株比例较低，分别为2.0%和2.5%。抗药性菌株的出现与甲霜灵的选择压力有关。云南辣椒疫霉群体组成较为复杂，A1A2交配型可能在云南辣椒疫霉的有性生殖中起到了重要的作用，成为影响群体结构的一个重要途径。