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相对于普通黑糯玉米而言，超级黑糯玉米果皮黑色性状受8对基因控制，包括一对跳跃基因和两对非等位基因，不但为细胞质遗传，且受细胞核影响．遗传更为复杂，后代难以稳定；其表现形也与普通黑糯玉米存在较大差异，常用鲜食玉米育种方法难以凑效。作者通过多年的试验研究，摸索出一套较为可行的超级黑糯玉米育种方法，供同行商榷。