《游仙窟》一书在中国失传后,因日本的古钞本、古刊本得以流传。日本现存的《游仙窟》古钞本有10余种,校注宜选"江户初期无刊记刊本"为底本,以日本康永三年(一三四四)醍醐寺钞本、文和二年(一三五三)真福寺钞本、金刚寺旧藏镰仓末期(□)残钞本、山岸文库藏室町初期(□)残钞本、元禄三年(一六九2)刊本《游仙窟钞》以及国内四种校勘本、校点本为参校本。由于辗转传抄,《游仙窟》的日本古钞本、古刊本免不了错讹,异体字、俗字也特别多,都给校勘和注释工作带来了困难。《游仙窟》日本古钞本、古刊本在传抄和刊刻中形成的错误,虽然多数可以通过版本比勘求正,但也有一些是版本比勘不能解决的:一是错误十分明显,基本可以凭"理校"纠正;二是很可能有误,但无法通过"理校"提出纠错的方案;三是或文义隐晦,或?格难通,却无从措手,只能存疑待考。