目的:比较重庆垫江药用牡丹根不同取材部位高效液相色谱(HPLC)指纹图谱的异同,为科学评价与有效控制牡丹皮质量提供新的依据和技术手段。方法:利用HPLC法(梯度洗脱)测定重庆垫江产牡丹根加工成的原丹皮、刮丹皮样品,并与全根和加工产生的木心、栓皮进行比较;采用国家药典委员会制定的《中药色谱指纹图谱相似度评价系统》(2004A版)专用软件进行自动匹配、相似度计算和色谱数据分析。结果:同株牡丹根各取材部位样品指纹图谱共有峰达15个,总峰面积、共有峰面积之和均为栓皮>全根>原丹皮>木心>刮丹皮。不同部位各色谱峰的相对峰面积差异较大,除原丹皮与刮丹皮外各样品间的相似度均<0.9。结论:牡丹根不同部位的指纹图谱存在显著差异,通过指纹图谱可以区别原丹皮和刮丹皮,并可以鉴别木心是否抽出,从而判断牡丹皮样品的纯度。加工过程对牡丹皮质量影响很大,采挖牡丹根后应及时抽去木心加工成牡丹皮,建议保留栓皮,加工成原丹皮。加工过程中产生的木心含有牡丹皮的主要有效成分丹皮酚、芍药苷及其它多种化学成分,应进行综合利用。