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目的探讨实时荧光定量PCR(FQ-PCR)技术在手足口病(HFMD)病原体检测中的应用,了解遵义市HFMD流行特征。方法收集2015年5~7月该院儿科初步诊断为HFMD的85例患儿的咽拭子、疱疹液标本,采用FQPCR检测标本中肠道通用型病毒(EV-U)、肠道病毒71型(EV71)及柯萨奇病毒A组16型(Cox A16),同时与酶联免疫吸附试验(ELISA)检测结果进行比较分析。结果 85例HFMD患儿采用FQ-PCR法检出65例EV-U阳性,阳性率为76.5%,其中2岁以下年龄段患儿阳性40例,阳性率为80.0%(40/50),2~5岁患儿阳性25例,阳性率为71.4%(25/35)。ELISA法检测EV-U阳性52例,其中2岁以下年龄段患儿阳性31例,阳性率为62.0%(31/50),2~5岁年龄段患儿阳性21例,阳性率为60.0%(21/35)。2种方法检测阳性率比较,差异有统计学意义(P<0.05)。结论 FQ-PCR技术以其灵敏度高、特异性强、速率快等特点更适用于临床检测HFMD病原体。2015年遵义市HFMD病原体以EV71较多,其次是Cox A16。