非营利组织是我国经济建设和社会发展的重要力量,是支撑政府服务的主要工作平台,是与国际组织合作的重要协调者,非营利组织的发展必须满足国家战略、政府监管、社会管理以及组织会员的工作的需求.所以,在面对中共中央关于全面深化改革,政社分开、权责明确的精神时,非营利组织在保证完成与行政机关脱钩工作的同时,也应治理好非营利组织在内部控制制度中反映出来的问题.近几年,在非营利组织检查中发现的问题,无不反映了非营利组织内部控制制度的缺乏或不健全.因而,非营利组织必须要把内部控制制度实实在在的建立和应用起来,从思想上重视内部控制,分析新形势下影响内部控制治理的因素,找出可能存在的问题和将要带来的冲击;从制度上严格建立内部控制制度,根据新形势下非营利组织的特征制定内部控制制度,并有效地进行正确的引导和实施;从风险上提出应对策略,改善因政社分开带来的诸多风险,顺利完成过渡期.非营利组织为适应新形势、新发展的需要,应有计划、有目标、有制度地循序渐进,应逐步把内部控制思想引入非营利组织管理中,促进其自律意识和自身建设,并保证其健康发展,从而提高社会公信力,建立符合社会主义市场经济规律的非营利组织.